L'ENSAP de Lille est un établissement public à caractère administratif sous tutelle du ministère de la culture et de la communication. Son directeur, nommé par décret du président de la République, met en œuvre les décisions et le projet d'établissement adoptés par le conseil d'administration.
Pour préparer ce projet et les décisions, l'ENSAP de Lille comprend différentes instances de débat et de concertation : la commission de la pédagogie et de la recherche (CPR), le conseil scientifique (CS) et le conseil des études et de la vie universitaire (CEVU).
Un conseil stratégique sera prochainement installé pour réunir les partenaires extérieurs de l'école, parmi les collectivités, les établissements d'enseignement supérieur et de recherche, le monde économique et professionnel.
